Se me acaba el contrato estando de baja y embarazada

Le recomiendo que contacte con un abogado laboralista de su zona. Si le interesa, el abogado puede intentar que se le reconozca una relación contractual indefinida (si se cumplen las condiciones para ello). En España, muchos contratos temporales están hechos en fraude de ley. Si consigue que se considere la relación indefinida, la finalización del contrato se podría considerar despido improcedente o incluso nulo, por encontrarse Ud. embarazada.
Si no lo hace, dependerá si cobra una indemnización en función del tipo de contrato (obra y servicio o circunstancias de la producción, por ejemplo), del convenio colectivo y del tiempo que lleve Ud. trabajando para la empresa.
En cuanto a la maternidad, si cumple los requisitos, podrá cobrarla.
La baja cotiza.