Quitar puerta de garaje para poner un despacho profesional

En relación con tu pregunta, no es fácil de contestar puesto que desconocemos la forma en que se configuró la propiedad horizontal en tu edificio o urbanización. Una pista importante la tienes en las escrituras de compra donde obligatoriamente tiene que venir (si las compraste del promotor) el régimen de propiedad horizontal, y la descripción de los elementos privativos y los elementos comunes de la misma. Por lo que cuentas, parece que la puerta de garaje es tuya, y que el garaje no es comunitario, por lo que no creo que se trate de un elemento común. Si el Ayuntamiento ha autorizado el cambio de uso y las obras, y como te indico, en tu escritura en la constitución de la propiedad horizontal no detectas ningún tipo de obstáculo, creo que no tienes que solicitar el permiso del que te han hablado en tu comunidad.