¿Me pueden despedir si estoy de baja? Soy fijo discontinuo

Pueden despedirte si realmente existen causas que lo justifiquen (razones técnicas, económicas, organizativas,...), en tal caso el hecho de que estés de baja por incapacidad temporal no impide que la empresa formule el despido. No obstante habrá que comprobar si las razones que aleguen son reales o no, en este último caso será un juez el que declare la procedencia o improcedencia del mismo.
En cuanto a la solicitud de Incapacidad permanente tendrás que solicitar el trámite de reconocimiento ante el INSS para que evalúen tu estado de salud y comprueben si reúnes los requisitos exigidos para su reconocimiento.