Con separacion de bienes, ¿conviene tener cuentas bancarias separadas?

Depende como estén definidos, como titulares o autorizados en la entidad bancaria.

Lo recomendable en un régimen matrimonial en separación de bienes sería tener cuentas separadas. No deben confundirse las cargas matrimoniales a que ambos cónyuges están obligados (pago de recibos, manutención de hijos, etc) con la titularidad de los bienes y derechos, que en este último caso son privativos de cada uno de los cónyuges.

Es difícil adelantarse a los acontecimientos. El hecho de que el dinero se encuentre en una cuenta conjunta, desde luego, no quiere decir que sea de los dos. El dinero es de su dueño, independientemente de que haya otras personas autorizadas. Sin embargo, la jurisprudencia entiende que las aportaciones superiores de uno de los cónyuges (p.e. al pago de la hipoteca) se consideran una donación al otro y no pueden reclamarse. En este caso, podría aplicarse esta doctrina dependiendo de la relación existente: por ejemplo, si de dicha cuenta se pagan gastos comunes de forma habitual. En cualquier caso, habría que estudiar el caso en detalle y lo más recomendable sería que se separaran las cuentas.