Vivienda habitual deducción por rehipoteca tras divorcio

Buenas tardes, el año 1998 me separé en Madrid y me trasladé a vivir a Barcelona. Con la liquidación de gananciales más una hipoteca, compré mi vivienda habitual el año 2000, y, posteriormente, la ocupé con mi ex marido (retomando la relación sentimental). El año 2003 tuvimos un hijo, y el año 2006 se decide cesar en la convivencia. La sentencia de divorcio recoge que, aunque la titularidad y el pago de las cuotas han sido y son responsabilidad mía, he de abonarle 18.000 euros en concepto de posibles gastos durante la convivencia, para lo que cancelo hipoteca y suscribo una con otra entidad, de mayor importe ya que no tenía ese dinero (la diferencia entre una y otra es de unos 20.000 euros). El año 2009, ante la imposibilidad de hacer frente a los pagos (puedo demostrar que estuve atendida por Servicios Sociales a nivel alimentos y pago del comedor escolar de mi hijo) vendo mi vivienda y paso a un piso de alquiler, hasta septiembre de 2011, fecha en la que encuentro un piso que he podido pagar al contado con el restante de la venta realizada el 2009.

Después de todos estos años, ayer Hacienda me envía una notificación en la que me indican que aún debo pagar 1.600 euros más (después de todas las declaraciones y complementarias que desde entonces me han realizado) ya que, según ellos no está bien aplicada la deducción puesto que la "segunda" hipoteca es de importe superior a lo que quedaba pendiente de amortizar y, por tanto, tengo una ganancia patrimonial de aprox. 21.000 euros. Mi pregunta es ¿esto es así? ¿Existe algún precedente legal que pueda aludir para demostrar que no he tenido ningún incremento patrimonial, puesto que ésa cantidad la destiné (tal y como recoge el convenio regulador de divorcio) a "liquidar" los posibles gastos de bienes inmuebles por mitad? Muchas gracias y un saludo!