¿Si soy solo cotitular pueden embargar la cuenta?

Sí, pueden embargar la cuenta. Si aparece también su madre como titular, realmente el banco debería embargar solo de lo que es suyo, que es el que debe la hipoteca, que en principio es el 50% del dinero que haya, salvo que su madre acredite que la cantidad es mayor. Pero, ojo!!, porque los bancos suelen cobrar la hipoteca de la cuenta asociada a la hipoteca, y no se mira que parte es de cada uno. Le aconsejo, que en todo caso la ponga como autorizada y no titular o cotitular, para que no tenga responsabilidad de cualquier cobro que se cojo de la cuenta, con el preaviso que le he indicado, que lo cogerán de todas formas.