¿Qué hago si mi empresa me debe 2 nóminas?

A ver en cuanto a cobrar las nóminas, puede entablar una demanda en el juzgado de lo Social, por impago de salarios
En cuanto a la indemnización por despido, lo que se suele hacer es dividir la última nómina entre 30 para calcular el sueldo diario, y luego multiplicar por los días que te corresponda (esto dependerá si es o no procedente y desde cuando estés contratado). Sin embargo en el caso de que te bajaran el sueldo a la mitad el último mes antes de despedirte, podrías calcular el sueldo diario, debiendo tu sueldo bruto anual/365 días

En cuanto al paro:
Para calcular qué cantidad de dinero vas a cobrar de paro (prestación por desempleo) deberás mirar en la nómina el apartado que dice "base de cotización por contingencias profesionales y conceptos de recaudación conjunta", esta base reguladora será la media de las bases de accidentes de trabajo y enfermedades profesionales, excluida la retribución por horas extraordinarias por las que la empresa haya cotizado a la Seguridad Social por el trabajador durante los últimos 180 días precedentes a la situación legal de desempleo o al momento en que cesó la obligación de cotizar.
Tienes derecho a cobrar el 70% de esta base de cotización durante los primeros 6 meses, mientras que el resto del período la cantidad baja al 60%. Asimismo, de la cuantía que se cobra del paro hay que pagar impuestos de IRPF (y de cotización a la Seguridad Social (4,7% de la base del paro). Puedes calcular tu prestación usando el Programa de autocálculo de prestaciones por desempleo del Ministerio de Desempleo y Seguridad Social del Gobierno Español.

De todas formas le aconsejo que acuda a un abogado, recuerde que como trabajador tiene derecho a un abogado de oficio, para más información acuda al colegio de abogados de su ciudad.

Un Saludo
Iago Otero.